ŽIVA

Revoluce, ne evoluce – jak se neutopit v záplavě biologických dat

Biologové vždy rádi sbírali data. I mezi čtenáři Živy je jistě mnoho takových, kteří mají doma entomologickou síťku a sbírku hmyzu nebo strávili mnoho času sběrem a přípravou materiálu pro herbář. U královských či šlechtických dvorů byly často provozovány zvěřince, a to už ve starověkém Egyptě, u nás měl na Pražském hradě zvěřinec např. Rudolf II. Nejstarší stále provozovaná zoologická zahrada se nachází ve Vídni a byla založena v r. 1752. Nejstarší botanická zahrada – Orto Botanico di Padova – byla založena Benátskou republikou v Padově již r. 1545 k pěstování léčivých rostlin, ale také jako místo, které mělo učit rozpoznávat nebezpečné rostliny. S objevem mikroskopu vzrostl zájem o organismy a části jejich těl, které jsou příliš malé pro pozorování lidským okem, a následně i o sběr dat, popisujících tyto organismy. V druhé polovině 20. století se vědci postupně naučili získávat další typy dat, a to především k molekulárním detailům života.

K dalšímu čtení v Živě

Tajemství tvarů – predikce 3D struktury proteinů (2025, 3)

Internetové odkazy

Evropský bioinformatický institut (EBI) https://www.ebi.ac.uk/

National Centre for Biotechnology, USA (NCBI) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Infrastruktura ELIXIR (https://elixir-europe.org/), česká pobočka ELIXIR CZ (https://www.elixir-czech.cz/)

Databáze

ENA (nukleotidová databáze) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
Uniprot (proteinová databáze) https://www.uniprot.org/
PDBe (databáze 3D struktur) https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
Ensembl (genomová databáze) https://www.ensembl.org/index.html
RNAcentral (databáze nekódujících RNA) https://rnacentral.org/

Obrazové přílohy

• Ukázka databází v knižní formě, jak byly distribuovány v předinternetové době. První proteinová databáze od Margarety O. Dayhoffové vyšla v r. 1965 (na obr. vydání z r. 1972). Foto G. Barton (https://X.com/gjbarton)
  
• Ukázka databází v knižní formě, jak byly distribuovány v předinternetové době. Několik vydání první velké nukleotidové databáze Genbank a EMBL (European Molecular Biology Laboratory). Foto D. Landsman (Wikimedia Commons)
  
• Frederick Sanger, autor sekvenačních metod pro DNA, RNA i proteiny. Převzato z Wikimedia Commons
  
• Margaret O. Dayhoffová, autorka první proteinové databáze. Převzato z Wikimedia Commons
  
• Rychlost růstu počtu známých sekvencí DNA – množství uložené v databázi ENA v jednotlivých letech. Upraveno podle: European Nucleotide Archive (ENA), kreslila R. Bošková.
  
• Infrastruktura Elixir poskytuje biologická data a na webu české pobočky najdete databáze a nástroje vyvinuté v ČR.
  

Archiv článků pro pedagogy a studenty

© 2025 Časopis ŽIVA – Rozhled v oboru veškeré přírody.
Založil roku 1853 J. E. Purkyně.
Vydává Nakladatelství Academia,
Středisko společných činností AV ČR, v. v. i., za podpory Akademie věd ČR.