Geobotanik (vegetační a krajinný ekolog). V letech 1975–89 byl vědeckým pracovníkem Ústavu krajinné ekologie AV ČR a Botanického ústavu AV ČR, od r. 1990 do současnosti přednáší na Přírodovědecké fakultě UK v Praze. V r. 2000 se stal vedoucím katedry botaniky PřF UK a dvě funkční období v letech 2003–09 byl děkanem PřF UK. V r. 2000 s kolegy založil Českou společnost krajinné ekologie, která je národní odnoží IALE – Mezinárodní asociace pro ekologii krajiny. V rámci jejích aktivit vznikl vědecký časopis Journal of Landscape Ecology s mezinárodní redakční radou, jehož je šéfredaktorem. Pracuje v redakčních radách dalších časopisů: Preslia, Contributii Botanice, Novitates Botanicae Universitatis Carolinae. Od r. 1991 byl se svými studenty řešitelem 15 grantových projektů z tuzemských zdrojů. V intencích zahraničních projektů a zvaných pobytů působil např. ve Velké Británii, Dánsku, Egyptě nebo Ekvádoru. Za Českou republiku koordinoval projekt BIOHAB v rámci 5. RP EU (2003–05, 14 účastnických států). V projektu podpořeném z evropských fondů (OP VK, 2011) a zaměřeném na vznik interdisciplinárního vědeckého týmu v oboru ekologie krajiny je zástupcem koordinátora a bádá v modelovém území rumunského Banátu. Publikoval přes 150 vědeckých prací orientovaných na ekologii rostlinných společenstev, interakce atmosférického znečištění s rostlinami, tropické vysokohoří jihoamerických And a na ekologii obnovy kulturní krajiny. V letech 1997–2008 působil jako předseda redakční rady Živy, v období 2004–2010 byl prezidentem mezinárodního filmového festivalu Ekofilm. O zajímavostech ve vědě se pravidelně dělí s veřejností na stránkách tiskovin, v rozhlase i v televizi. V r. 2009 obdržel od předsedy Akademie věd ČR čestnou medaili Vojtěcha Náprstka za popularizaci vědy. Po r. 1989 pracoval v poradních grémiích ministerstev životního prostředí, v českém výboru SCOPE, byl místopředsedou Národního komitétu programu Člověk a biosféra (MAB – UNESCO, 1995–2003). Spoluzakládal Klub spisovatelů nestraníků (K´89) a při založení Obce spisovatelů se stal jejím členem. Napsal výukové příručky Geobotanika – ekologická botanika, Ekosystémová a krajinná ekologie, v beletristické a popularizační sféře knihy různých žánrů: Mouchy v síťovce, Dvakrát posunuté jaro, Klíč k rovnováze, Rozhovory se Živou, Klíčová slova – 1989, Věda v Čechách po 20 letech.

Články v Živě