Fungování biofilmů v přírodních vodách je řízeno vzájemnou interakcí mezi řasami a bakteriemi a mezi jejich spásači. Ti společně s hydraulickými podmínkami regulují biomasu a tloušťku biofilmu a ovlivňují tak schopnost biofilmů přijímat a zachycovat živiny a toxické látky. Biofilmy proto představují centra metabolické aktivity, která se výrazně podílí na samočištění vod, slouží jako potrava pro bezobratlé organismy, ale mohou rovněž znehodnocovat a poškozovat povrchy, na nichž se tvoří.

The function of biofilms in natural waters is driven primarily by mutual interactions between algae, bacteria and their grazers. In turn, the grazers together with a hydraulic regime of the environment may control the biomass and the thickness of the biofilms and affect their ability to intake and retain nutrients and toxic pollutants. Thus biofilms represent the hot spots of metabolic activity which contribute substantially to water self-purification and serve as food for invertebrate organisms. However, biofilms may also show adverse effects on the surfaces they colonize.